有機(jī)肥料中含有大量微生物，施入土壤后和土壤中其他有益微生物結(jié)合，增加了有益微生物菌群的數(shù)量，為微生物活動(dòng)創(chuàng)造良好的生活條件。有資料顯示，在深耕并分層混合施用有機(jī)肥料的土壤中，好氣微生物大量繁殖，嫌氣微生物則大量減少。經(jīng)過微生物的活動(dòng)，好氣微生物的增加，從而加快了有機(jī)肥料養(yǎng)分的轉(zhuǎn)化，對(duì)穩(wěn)定土壤結(jié)構(gòu)，改善土壤耕性及作物吸收利用有著很好的作用。
      有機(jī)肥料除了有良好營(yíng)養(yǎng)作用外，它還有很高的酶的活性。尤其是在畜、禽糞中，因?yàn)閯?dòng)物消化道可分泌各種酶，其消化道內(nèi)大量繁殖的各種微生物，也能分泌各種酶，所以畜、禽糞中酶的活性特別強(qiáng)，是土壤酶活性的幾十倍至幾百倍。這些酶的活性與土壤的通透性和土壤肥力狀況密切相關(guān)。施用有機(jī)肥料可提高土壤中酶的活性、土壤有效養(yǎng)分和發(fā)揮土壤肥力的作用。